Ümummilli liderimiz Heydər Əliyevin 2000-ci il 13 iyun tarixli Fərmanına əsasən, Naxçıvan Politexnik Texnikumunun bazasında Azərbaycan Müəllimlər İnstitutunun Naxçıvan filialı yaradılmışdır. Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2003-cü il 26 avqust tarixli sərəncamı ilə bu ali təhsil müəssisəsi müstəqil instituta çevrilərək Naxçıvan Müəllimlər İnstitutu kimi fəaliyyətə başlamışdır.
Ötən 11 ildə Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunun fəaliyyəti genişləndirilmiş, ali təhsilli kadrların hazırlanması sahəsində bir sıra nailiyyətlər əldə edilmişdir. Bu dövrdə institut ixtisaslı müəllim kadrları ilə təmin edilmiş, ali təhsil ocağının binası yenidən qurulmuş, lazımi tədris şəraiti yaradılmış, maddi-texniki bazası gücləndirilmiş, yeni ixtisaslar açılmışdır. 2003-cü ilə qədər Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunda “ibtidai təhsil pedaqogikası və metodikası” və “məktəbəqədər tərbiyənin pedaqogikası və metodikası” ixtisaslarında təhsil verilirdisə, bu gün “ibtidai sinif müəllimliyi”, “riyaziyyat və informatika müəllimliyi”, “təsviri incəsənət müəllimliyi”, “məktəbəqədər təlim və tərbiyə”, “təhsildə sosial-psixoloji xidmət” ixtisasları üzrə bakalavr, “ibtidai sinif müəllimliyi”, “təhsildə sosial-psixoloji xidmət”, “ibtidai təhsilin pedaqogikası və metodikası” və “pedaqogika nəzəriyyəsi və tarixi” ixtisasları üzrə isə magistr kadrları hazırlanır.